Thủ tục yêu cầu phản tố của bị đơn được thực hiện theo quy định của BLTTDS về thủ tục khởi kiện của nguyên đơn. Có nghĩa là bị đơn phải soạn đơn phản tố bằng văn bản và gửi tới Tòa án, sau đó bị đơn sẽ phải thực hiện nghĩa vụ nộp tạm ứng án phí như nguyên đơn. Thời hạn chuẩn bị xét xử sẽ được tính lại kể từ ngày bị đơn nộp tạm ứng án phí hoặc trong trường hợp bị đơn được miễn án phí thì tính từ ngày Tòa án nhận được đơn phản tố.
Bên cạnh những yếu tố về trình tự thủ tục thì hệ quả pháp lý cũng thay đổi cơ bản nếu như bị đơn đưa ra yêu cầu phản tố. Cụ thể, thay vì trước kia bị đơn không có nghĩa vụ chứng minh cho ý kiến của mình thì bây giờ bị đơn phải chủ động trong việc chứng minh yêu cầu phản tố của mình. Khi nguyên đơn rút đơn khởi kiện, nếu bị đơn không đưa ra yêu cầu phản tố thì thẩm phán sẽ đình chỉ giải quyết vụ việc, tuy nhiên nếu như bị đơn đã đưa ra yêu cầu phản tố thì vai trò của các bên sẽ thay đổi, bị đơn sẽ trở thành nguyên đơn và ngược lại nguyên đơn sẽ trở thành bị đơn, vụ án sẽ tiếp tục được giải quyết ( điểm b, khoản 2 Điều 217 BLTTDS 2015) .
Từ những phân tích ở trên, có thể thấy việc thực hiện quyền phản tố của bị đơn có sự tác động to lớn tới quá trình giải quyết vụ việc về mặt nội dung và hình thức. Thực tế, bị đơn thường lỡ mất các quyền này do không biết, cụ thể về mặt nội dung với những người dân bình thường, không am hiểu pháp luật thường không biết cách trình bày yêu cầu của mình rõ ràng mà chỉ lồng ghép các với các ý kiến về yêu cầu khởi kiện của nguyên đơn, về mặt thủ tục, người dân không biết trình tự thủ tục nếu đưa ra yêu cầu phản tố mà các cán bộ Tòa án không hướng dẫn cụ thể.
Như vậy, pháp luật cần quy định rõ ràng, dễ hiểu hơn về quyền này cũng như trách nhiệm của các cán bộ tòa án trong việc phổ biến quyền và nghĩa vụ của các bên cũng như việc hướng dẫn các bên trong việc thực hiện quyền của mình để pháp luật đi vào đời sống và đảm bảo được chức năng bảo vệ công lý của mình.