Phương pháp khấu trừ thuế giá trị gia tăng. Thuế giá trị gia tăng là thuế tính trên giá trị tăng thêm của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong quá trình từ sản xuất, lưu thông đến tiêu dùng.
Phương pháp khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) được quy định như sau:
a) Số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo phương pháp khấu trừ thuế bằng số thuế giá trị gia tăng đầu ra trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ;
b) Số thuế giá trị gia tăng đầu ra bằng tổng số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng.
Thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng bằng giá tính thuế của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế bán ra nhân với thuế suất thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ đó.
Trường hợp sử dụng chứng từ ghi giá thanh toán là giá đã có thuế giá trị gia tăng thì thuế giá trị gia tăng đầu ra được xác định bằng giá thanh toán trừ giá tính thuế giá trị gia tăng.
c) Số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ bằng Tổng số thuế GTGT của hàng hóa dịch vụ mua vào ghi trên hóa đơn GTGT, số thuế GTGT ghi trên chứng từ nộp thuế của hàng hóa nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài
Thuế GTGT đầu vào xuất hiện ở khâu mua vào, được tính trong tổng giá mà chủ thể nộp thuế đã trả để nhận được hàng hóa dịch vụ. Theo đó, thuế GTGT đầu vào bằng tổng số thuế GTGT ghi trên hóa đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ (bao gồm cả tài sản cố định) dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT, số thuế GTGT ghi trên chứng từ nộp thuế của hàng hóa nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam. Như vậy, bằng một nghiệp vụ phát hành hóa đơn, có thể là cơ sở xác định số thuế đầu ra cho chủ thể cung ứng hàng hóa, dịch vụ; đồng thời cũng là căn cứ xác định số thuế đầu vào cho bên nhận hàng hóa dịch vụ. Đối với chứng từ nộp thuế của hàng hóa nhập khẩu, vừa là cơ sở để xác định nghĩa vụ thuế đã hoàn thành ở khâu nhập khẩu, vừa là cơ sở cơ quan thuế nội địa khấu trừ thuế đối với hoạt động tiêu dùng trong nước.
Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào là loại được dùng chứng từ đặc thù ghi giá thanh toán là giá đã có thuế GTGT thì cơ sở được căn cứ vào giá đã có thuế và phương pháp tính để xác định giá chưa có thuế và thuế GTGT đầu vào
Phương pháp khấu trừ thuế áp dụng đối với cơ sở kinh doanh thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ bao gồm:
a) Cơ sở kinh doanh có doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ từ một tỷ đồng trở lên, trừ hộ, cá nhân kinh doanh;
b) Cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, trừ hộ, cá nhân kinh doanh.